Spisak gradova u Estoniji dat je u nastavku. Mnogi od navedenih gradova, pogotovo prije 1918. godine, su bili poznati po njemačkim ili ruskim nazivima koji su se uglavnom razlikovali od naziva na estonskom jeziku. Nakon sovjetske okupacije Estonije, 1940. godine, iako su se u ruskom jeziku koristili samo estonski nazivi, korištenje izvora u ruskom jeziku je značilo da su se neki nazivi gradova pogrešno navodili (npr Vilyandi ili Pylva umjesto ispravnih naziva Viljandi odnosno Põlva).